ニューラルアトムを導入することで、分子グラフ内の長距離相互作用を効率的に捉えることができる。ニューラルアトムは原子を抽象化したグループ表現であり、原子間の長距離相互作用を単一ホップの通信チャネルを通じて伝播することができる。