本研究では、TransformerとVAEを組み合わせた新しい分子生成モデルを提案した。
まず、Transformerのメモリ出力を固定長のベクトルに変換し、VAEの潜在変数として利用する手法を開発した。また、潜在変数の正規化を強化することで、生成分子の多様性を高めた。
提案モデルを、既存の分子生成モデルと比較評価した結果、提案モデルは既存モデルと同等以上の性能を示し、特に未知の化学構造を生成する能力が高いことが分かった。
さらに、潜在変数の次元数を検討した結果、分子の構造情報を16次元程度の潜在変数で十分表現できることが示された。これは、従来の分子記述子に比べて大幅に小さい次元数である。
また、提案モデルの潜在変数を用いて分子物性を予測したところ、既存の分子記述子と同等以上の性能を示した。
以上より、提案モデルは、未知の化学構造を含む広範な化合物ライブラリの生成や、効率的な仮想スクリーニングに貢献できると期待される。
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by Yasuhiro Yos... at arxiv.org 04-08-2024
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